霉菌通常生長在陰暗潮濕的環境中，適應較低的溫度，最嚴重的情況往往發生在高溫庫內。冷庫內的霉菌生長會導致孢子傳播并污染存放的貨物和產品。雖然霉菌本身無害且不產生毒素，但商品的霉變會對外觀造成嚴重影響，并促使肉類腐爛。因此，除霉工作一直備受關注，盡管目前存在許多不方便的除霉方法，仍需要進一步的研究和改進。

冷庫除霉的方法主要分為三類：機械除霉、物理除霉和化學除霉。

機械除霉法是通過清潔和清除霉菌的部分來進行的，通常與其他除霉方法結合使用。其中一種方法是空氣洗滌法，利用噴水器在進風口處，當空氣循環時能夠沖洗掉霉菌孢子，類似于現在常見的濕式冷風機，可以有效減少霉菌數量。

物理除霉法利用溫度、濕度、紫外光、高頻電和銅絲網濾器等物理手段來除霉。霉菌的生長溫度范圍一般在-6℃至40℃之間，因此在低溫庫中霉菌生長較少，此外，使用熱堿水也可以殺滅工具和設備上的霉菌。溫度對霉菌生長有很大影響，因此在控制溫度方面需要適度。紫外光除霉是一種較好的方法，既能殺菌除霉，還具有一定的除臭效果。然而，紫外光只對直接照射的部分起作用，一般每立方米使用0.33～3瓦特的紫外光輻射，在距離為2米的面積上照射6小時可以殺滅微生物。紫外光的效果受溫度和濕度影響，接近微生物正常生長溫度且濕度較高時，殺菌除霉能力會更強。此外，紫外光能夠促進脂肪氧化，因此在使用時需要注意。在逆風口安裝銅絲網濾器可以殺滅一部分霉菌。

化學除霉法常用的方法包括乳酸、二氧化碳、臭氧、甲醛、漂白劑、氟化鈉和羥基聯苯酚鈉等。

乳酸法是一種可靠的消毒方法，具有除霉、殺菌和除臭的功效。使用時，首先清潔庫房，每立方米使用1毫升的粗制乳酸，再加入1～2倍的清水，將混合液放置在搪瓷盆內，置于電爐上加熱蒸發，一般要求在半小時至3小時左右將藥液蒸發完。然后關閉電爐，密閉庫門達6～24小時左右，使乳酸與細菌或霉菌充分作用，以達到消毒的目的。經由湖南省肉食公司下屬的“除霉殺毒實驗小組”實驗證明，每立方米使用1毫升的乳酸消毒劑對庫房的除霉殺菌效果有一定作用，消毒后庫房內的細菌下降了70%，霉菌下降了70%。